Ο ναός βρίσκεται 900μ από την νότια είσοδο του ομώνυμου φαραγγιού, στον Ζαρό, του δήμου Φαιστού. Σήμερα λειτουργεί ως μοναστήρι Παλαιοημερολογιτών.
Αρχικά, φαίνεται ότι ήταν γυναικείο μοναστήρι το οποίο εγκαταλείφθηκε έπειτα από κάποια καταστροφή.
Κατά την διάρκεια της ενετοκρατίας ήταν μετόχι της μονής Βαρσαμονέρου και ονομαζόταν Άγιος Νικόλαος στα Καροπουλιανά. Μάλιστα ήταν μετόχι κτηνοτροφικού χαρακτήρα.
Το μετόχι διατηρήθηκε καθ’ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Έπειτα εγκαταλείφθηκε και ξανακατοικήθηκε τον 19ο αιώνα. Τότε έγινε και η ριζική ανακαίνιση του μοναστηριού, κρατώντας μόνο το ναό του Αγίου Νικολάου αναλλοίωτο.
Σύμφωνα με την παράδοση, στην περιοχή του Αγίου Νικολάου υπήρχε κατά την αρχαιότητα ο ναός του Ποσειδώνος, στη θέση του οποίου δημιουργήθηκε ο Χριστιανικός ναός του Αγίου Νικολάου.
Τέλος, στην ανατολική πλαγία του φαραγγιού 500 μέτρα περίπου πάνω από τη μονή του Αγίου Νικολάου βρίσκεται η μικρή σπηλαιώδης σκήτη του Αγίου Ευθυμίου.
Σύμφωνα με την παράδοση, οι καλόγριες της Μονής του Αγίου Αντωνίου σκότωσαν τον ασκητή Ευθύμιο όταν τον είδαν στους κήπους του μοναστηριού ντυμένο με προβιά ζώου.