Επίσης είναι τμήμα του Ευρωπαϊκού ορειβατικού μονοπατιού Ε4 Ζαρος-Δασος Ρούβα-Νίδα.

Συνολικά για το τμήμα που αφορά το Φαράγγι Αγίου Νικολάου, δηλαδή απο τη λίμνη του Ζαρού ώς το δάσος του Ρούβα και επιστροφή, θα πρέπει να διανύσετε περίπου 10χλμ. Ο χρόνος διέλευσης υπολογίζεται περίπου στις 4 ώρες. Η άνοιξη είναι ιδανική περίοδος για να επισκεφτείτε το φαράγγι.

Ακολουθώντας το μονοπάτι, 900 περίπου μέτρα από την λίμνη συναντάμε το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου, από το οποίο πήρε το φαράγγι το όνομα του.

Στην ανατολική πλαγία του φαραγγιού 500 μέτρα περίπου απόσταση πάνω από τη μονή του Αγίου Νικολάου βρίσκεται η μικρή σπηλαιώδης σκήτη του Αγίου Ευθυμίου.

Σύμφωνα με την παράδοση, οι καλόγριες της Μονής του Αγίου Νικολάου σκότωσαν κατά λάθος τον ασκητή Ευθύμιο όταν τον είδαν στους κήπους του μοναστηριού ντυμένο με προβιά ζώου.

Πιθανόν στην είσοδο του φαραγγιού να ήκμασε μοναστηριακή πολιτεία όπως και σε πολλά άλλα φαράγγια της Κρήτης.