Το γυναικείο μοναστήρι χτίστηκε κατά την πρώτη βυζαντινή περίοδο και συναντάται με τα ονόματα Παλαιά, Πάλαι και Πάλα, από όπου προήλθε και η σημερινή του ονομασία.
Στις αρχές του 14ου αιώνα το μοναστήρι καταλήφθηκε από το Λατίνο Αρχιεπίσκοπο Κρήτης, παρά την προσπάθεια του Πατριάρχη να κρατήσει τη μονή ως σταυροπηγιακή στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Η μονή είχε προσελκύσει το ενδιαφέρον του Πάπα Κλήμεντα Δ’ λόγω της μεγάλης ακίνητης περιουσία της.
Η εκκλησία με την σημερινή της μορφή ξεκίνησε να χτίζεται το 1826, στο σημείο όπου υπήρχε εγκαταλελειμμένος ναός. Το μοναστήρι έχει υποστεί σοβαρές ζημιές από τους Τούρκους κατά την διάρκεια της Επανάστασης του 1821 και είχαν σφαγιαστεί οι μοναχές. Η μόνη που κατάφερε να επιβιώσει ήταν η μοναχή Παρθενία, η οποία συνέδραμε για την ανοικοδόμηση του ναού.
Το μοναστήρι είχε μπει στο στόχαστρο των Τούρκων κι έτσι το 1866 το έκαψαν και κατέστρεψαν ή πούλησαν τις εικόνες.
Η παράδοση αναφέρει ότι στην ρίζα της μεγάλης μυρτιάς που βρίσκεται στα νοτιοανατολικά του ναού, βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας Μυρτιδιώτισσας. Η εικόνα περικλείεται στον κορμό της μυρτιάς και μπορούν να την δουν μόνο παιδιά, όπως λέγεται. Η «Αγία Μυρτιά», όπως ονομάζεται το δέντρο, θεωρείται ιερό δέντρο και τα φύλλα της χρησιμοποιούνται για κάπνισμα, αφέψημα και φυλακτά, καθώς πιστεύεται ότι έχουν θεραπευτικές ιδιότητες.
Ο ναός της μονής είναι τρίκλιτος και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, στον Άγιο Παντελεήμονα και στους Τρεις Ιεράρχες. Επίσης, βόρεια του κεντρικού ναού βρίσκεται το παρεκκλήσι των Αγίων Αποστόλων.
Το μοναστήρι δεν είναι κοινοβιακό και οι μοναχές ζουν από τα υφαντά που φτιάχνουν οι ίδιες και τα διαθέτουν στην μόνιμη έκθεση που βρίσκεται εντός της μονής.