Η απόσταση των Καλών Λιμένων από το Ηράκλειο φτάνει περίπου τα 77 χλμ και η πρόσβαση γίνεται από ασφαλτοστρωμένο δρόμο, που περνάει από τα χωριά Πόμπια και Πηγαϊδάκια. Ένας δεύτερος τρόπος πρόσβασης στο σημείο είναι μέσω ενός χωματόδρομου που ενώνει την Μονή Οδηγητρίας με τους Καλούς Λιμένες.
Απέναντι από τον οικισμό, στην νησίδα Μικρό Νησί ή Απόστολος Παύλος, όπως την ονομάζουν οι ντόπιοι, βρίσκονται οι δεξαμενές πετρελαίου της ΣΕΚΑ, που ανήκουν στην οικογένεια Βαρδινογιάννη. Οι δεξαμενές βρίσκονται εκεί από το 1961 και λειτουργούν ως σταθμός ανεφοδιασμού των πλοίων που διασχίζουν την Μεσόγειο. Παρά το γεγονός ότι χαλάνε την ηρεμία που προσφέρει οπτικά ο τόπος, δεν έχουν δημιουργήσει περιβαλλοντική ρύπανση.
Νοτιοδυτικά του Απόστολου Παύλου υπάρχει και μία δεύτερη νησίδα με την ονομασία Μεγάλο Νησί ή Μπομπιανό νησί.
Σε κοντινή απόσταση από τον οικισμό, πάνω σε ένα λόφο βρίσκεται η εκκλησία του Απόστολου Παύλου. Δίπλα στο ναό βρίσκεται μια μικρή σπηλιά, όπου λέγεται ότι διέμενε ο Απόστολος.
Ο οικισμός ανήκει διοικητικά στο δήμο Φαιστού και σύμφωνα με την απογραφή του 2011, στο χωριό μένουν 21 κάτοικοι.
ΠΑΡΑΛΙΕΣ
Στους Καλούς Λιμένες υπάρχουν αρκετές όμορφες παραλίες όπου μπορεί ο επισκέπτης να κάνει το μπάνιο του.
Μπροστά από τον οικισμό βρίσκεται η οργανωμένη παραλία της περιοχής, η οποία αποτελείται από άμμο και βότσαλα. Πάνω από την παραλία υπάρχουν ταβερνάκια, μίνι μάρκετ και καφέ.
Ανατολικά συναντάμε την παραλία την μεγαλύτερη παραλία της περιοχής με το συνολικό της μήκος να ξεπερνάει το ένα χιλιόμετρο. Πρόκειται για μια όμορφη παραλία με ψιλή άμμο και αρκετά αλμυρίκια. Η παραλία βρίσκεται στον δρόμο που ενώνει τους Καλούς Λιμένες με τον παραθαλάσσιο οικισμό Χρυσόστομο. Στον ίδιο δρόμο, περίπου στο 2ο χλμ βρίσκεται η παραλία της Καραβόβρυσης. Για να φτάσετε στην παραλία με την χοντρή άμμο θα πρέπει να ακολουθήσετε ένα μικρό μονοπάτι. Η εν λόγω παραλία δεν είναι οργανωμένη.
Χαρακτηριστικό όλων των παραλιών είναι ότι σχεδόν πάντα είναι ήρεμες όπως φανερώνει και το όνομα, Καλοί Λιμένες, γεγονός που τις καθιστά ιδανικό προορισμό και για τους χειμερινούς κολυμβητές.
Ακολουθώντας τον βατό χωματόδρομο που οδηγεί από τους Καλούς Λιμένες στο Λέντα συναντά κανείς πολλές όμορφες παραλίες και παραθαλάσσιους οικισμούς, όπως τα Πλατιά Περάματα και την παραλία του Τζίγκουνα.
ΙΣΤΟΡΙΑ
Η ονομασία του χωριού είναι αρχαιότατη και μάλιστα αναφέρεται στις Πράξεις των Αποστόλων, διότι στο σημείο αυτό αποβιβάστηκε ο Απόστολος Παύλος, όταν μεταφερόταν στη Ρώμη.
Την περίοδο της Ενετοκρατίας διάφορα ξένα πλοία διενεργούσαν λαθρεμπόριο από τους Καλούς Λιμένες , όπως αναγράφεται στον Βασιλικάτα.
Στα ανατολικά του σημερινού οικισμού, στην περιοχή Χρυσοστόμου, βρίσκονται τα ερείπια της αρχαίας πόλης Λασαία. Η τελευταία άκμασε στα ρωμαϊκά χρόνια και ήταν λιμένας της αρχαίας Γόρτυνας. Η πόλη αυτή αναφέρεται στο ρωμαϊκό νόμισμα ως Θάλασσα και αλλού με τα ονόματα Άλασα και Λασός.
ΕΚΚΛΗΣΙΕΣ
Κοντά στους Καλούς Λιμένες, πάνω σε λόφο, είναι χτισμένη η εκκλησία του Απόστολου Παύλου.
Η εκκλησία χτίστηκε το 1911 από τον Χατζή Κωστή Καρτεράκη, ο οποίος καταγόταν από την Πόμπια. Ο ναός εμφανίζεται ακριβώς στην ίδια θέση σε ενετικούς χάρτες του 1700. Στην σπηλιά που υπάρχει δίπλα, λέγεται ότι έμενε ο Απόστολος Παύλος.
ΕΚΔΗΛΩΣΕΙΣ
Τον Αύγουστο διοργανώνονται beachparty στην παραλία της Ψιλής Άμμου, μπροστά από τον οικισμό των Καλών Λιμένων.