Λίγο πριν φτάσει κανείς στο χωρίο του Αγίου Θωμά (από Ηράκλειο), στα αριστερά υπάρχει ένας μικρός δρόμος, που αν τον ακολουθήσει, σε περίπου 1χλμ, θα βρεθεί στο παλιό μοναστήρι της Παναγιάς Καρδιώτισσας.

Η βυζαντινή εκκλησία της Παναγίας, του 14ου αιώνα, είναι κτισμένη στην ανατολική όχθη του Αξεδιανού χείμαρου. Μάλιστα όταν ο καιρός ευνοεί, δημιουργούνται καταρράκτες στην άκρη του περίβολου της εκκλησίας.

Στην αυλή του ναού είναι εύκολο να δει κανείς σημάδια θεμελίων. Πρόκειται για τα θεμέλια μιας παλιότερης εκκλησίας του 7ου αιώνα, η οποία χτίστηκε πάνω στα χαλάσματα αρχαίου ιερού.

Ο επισκέπτης μπορεί να ξαποστάσει στα παγκάκια που βρίσκονται κάτω από το μεγάλο δρυγιά 600 ετών.

Στον προαύλιο χώρο βρίσκονται δύο φλασκιά με μία επιγραφή που ενημερώνει τους πιστούς για το θαύμα της Παναγίας. Σύμφωνα με την επιγραφή το 1914 ένας Τούρκος είχε μια κόρη παράλυτη εκ γενετής. Ο Τούρκος άκουσε για τα θαύματα της Καρδιώτισσας και της προσέφερε δώρα, μεταξύ των οποίων και τα δύο φλασκιά λάδι και δύο φλασκιά μέλι. Η κόρη έγινε καλά και ο Τούρκος δόξασε την Παναγία. Τα δύο φλασκιά με το μέλι βρέθηκαν το 2012 και τοποθετήθηκαν στην αυλή.

Στον χώρο σύντομα κατασκευάστηκε ξενώνας για να φιλοξενεί το πλήθος κόσμου που επισκέπτονταν την μονή. Σήμερα, φιλοξενεί το εργαστήριο παραδοσιακής υφαντικής των γυναικών του Αγίου Θωμά.

Το 1935-1962 λειτούργησε ως γυναικεία μονή, ενώ στην Γερμανική Κατοχή ο ξενώνας φιλοξένησε κατοίκους της ευρύτερης περιοχής.

Το μοναστήρι με τα χρόνια ερήμωσε, όμως το 1992 ξεκίνησαν εργασίες της ανακαίνισης του.