Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου λειτουργεί από το 1970 και αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα της Κρήτης. Το μουσείο βρίσκεται στη βόρεια πλευρά της λίμνης, στην οδό Παλαιολόγου 74.

Οι συλλογές του μουσείου περιλαμβάνουν ενδιαφέροντα και σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα, τα οποία συλλέχθηκαν από όλη την Ανατολική Κρήτη και συγκεκριμένα από τα Μάλια έως την Ζάκρο.

Τα εκθέματα χρονολογούνται από την Νεολιθική περίοδο μέχρι τους Ρωμαϊκούς χρόνους. Ο επισκέπτης μπορεί να παρακολουθήσει τη διαχρονική εξέλιξη της τέχνης στην περιοχή μέσα από αντιπροσωπευτικά δείγματα διαφόρων ρυθμών και εποχών.