Η Ιερά μονή Πρέλελης βρίσκεται περίπου 35χλμ νότια του Ρεθύμνου και στα πόδια της βρίσκεται το φημισμένο και όμορφο φοινικόδασος της περιοχής. Η μονή βρίσκεται δυτικά του Κουρταλιώτικου φαραγγιού και ανήκει διοικητικά στο δήμο Αγίου Βασιλείου.

Το μοναστήρι αποτελείται ουσιαστικά από δύο κτιριακά συγκροτήματα, το Κάτω Μοναστήρι του Προδρόμου και το Πίσω Μοναστήρι του Θεολόγου. Το Κάτω Μοναστήρι βρίσκεται κοντά στο Κουρταλιώτικο Ποταμό ή Μεγάλο Ποταμό, όπως ονομάζεται. Η εκκλησία βρίσκεται στο κέντρο της αυλής και περιστοιχίζεται από πολλά κτίρια. Σε αυτή την μονή ζούσαν νέοι μοναχοί μαζί με εργάτες και κτηνοτρόφους. Σήμερα δεν κατοικείται.

Το Πίσω Μοναστήρι βρίσκεται περίπου 3χλμ από το Κάτω. Το μοναστήρι έχει εκπληκτική θέα μέχρι το Λιβυκό πέλαγος. Στο κέντρο της αυλής βρίσκεται η δίκλιτη εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου και του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου. Τα κτίρια που το περιβάλλουν αφορούν ηγουμενείο, τράπεζα, φουρνόσπιτο, σκευοφυλάκιο, βιβλιοθήκη, τυροκέλι, κηροκέλι, κελιά, κοιμητήριο κ.α.

Στο μοναστήρι έχει δημιουργηθεί μουσείο προκειμένου να διαφυλαχτούν ανεκτίμητα ιερά κειμήλια που βρίσκονται στην μονή.

Τμήμα του Κάτω μοναστηριού φαίνεται να ιδρύθηκε την Β’ βυζαντινή περίοδο, δηλαδή περίπου στο τέλος του 10^ου αιώνα με αρχές του 11^ου. Σε καμπάνια της μονής υπάρχει χαραγμένο το έτος 1594.

Πριν το 1700 βρίσκουμε το μοναστήρι με την ονομασία «του Μεγάλου Ποταμού κατά την νήσον Κρήτην». Η σημερινή ονομασία πιθανόν προέρχεται από το επώνυμο Πρέβελης. Λέγεται ότι μέλος της μεγάλης οικογένειας του Ρεθύμνου που ονομάζοταν Πρέβελης, ανακαίνισε την μονή.

Το μοναστήρι συνέβαλε για την αποτίναξη του τουρκικού ζυγού, ενώ έγινε επανειλημμένως στόχος των κατακτητών. Επίσης, σημαντικό ρόλο έπαιξε και κατά την Γερμανική κατοχή, καθώς στους κόλπους της μονής βρήκαν καταφύγιο Έλληνες και σύμμαχοι, οι οποίοι έφευγαν με υποβρύχια με προορισμό την Μέση Ανατολή. Το 1941 οι Γερμανοί κατέστρεψαν το μοναστήρι και συνέλαβαν τους μοναχούς.