Η Ιερά Μονή Αρκαδίου συνδυάζει αρμονικά την απαράμιλλη φυσική ομορφιά, την λαμπρή ιστορία και τους θρύλους που συντροφεύουν την περιοχή. Το μοναστήρι βρίσκεται περίπου 23χλμ από την πόλη του Ρεθύμνου, πάνω σε ένα κατάφυτο οροπέδιο, στην βορειοδυτική πλαγιά του όρους Ίδη, κοντά στο όμορφο αρκαδιώτικο φαράγγι, που συνδέει την επαρχία Ρεθύμνου με του Μυλοποτάμου και του Αμαρίου.

Η παράδοση αναφέρει ότι το μοναστήρι χτίστηκε περίπου τον 5^ο αιώνα. Η θεμελίωση έγινε από τον αυτοκράτορα Ηράκλειο και η ανοικοδόμηση από τον αυτοκράτορα Αρκάδιο, από τον οποίο πήρε και το όνομα της. Ερείπια της πρώτης αυτής μονής σώζονται στο βορειοδυτικό σημείο του περίβολου του μοναστηριού. Η σημερινή φρουριακή μορφή της μονής οφείλεται στους Ενετούς, καθώς την έχτισαν στα τέλη της ενετοκρατίας.

Στο κέντρο του μοναστηριακού χώρου βρίσκεται ο εντυπωσιακός δίκλιτος ναός, αφιερωμένος στην Μεταμόρφωση του Σωτήρος και στους Αγίους Κωνσταντίνου και Ελένης. Στο κωδωνοστάσιο υπάρχει επιγραφή που πιστοποιεί ότι ο ναός ανηγέρθη το 1587.

Ο ναός περιβάλλεται από το Ηγουμενείο, την Τράπεζα και τα Κελαρικά, που είναι ένα μεγάλο διαμέρισμα το οποίο χωρίζεται σε μαγειρείο, ζυμωτήριο, φούρνο, αρταποθήκη και αλευραποθήκη. Επίσης περιμετρικά βρίσκονται πυριτιδαποθήκη, όπου πριν το 1866 χρησίμευε ως οιναποθήκη και στη συνέχεια μετατράπηκε, τα μεσοκούμια, που ίσως ήταν νοσοκομείο, το μουσείο, τα κελιά και διάφορες άλλες αποθήκες.

Πολύ κοντά στη μονή, δίπλα από το φαράγγι υπάρχει ένα κτίριο όπου φυλάσσονται τα οστά των υπερασπιστών του μοναστηριού της μάχης του 1866. Παλιότερα το κτίριο φιλοξενούσε τον ανεμόμυλο της μονής, τους στάβλους και το φυλάκιο του αγροφύλακα.

Η μονή Αρκαδίου είναι γνωστή από άκρη σε άκρη της Κρήτης -και όχι μόνο- για την σημαντική και τραγική της ιστορία. Ας πάρουμε όμως τα πράγματα από την αρχή. Μετά την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους, το 1669, απαγορεύτηκε σε όλες τις εκκλησίες και τα μοναστήρια να χτυπούν τις καμπάνες. Ο τότε ιεροδιάκονος της μονής, Νεόφυτος Πατελάρης, συναντήθηκε με τον Πορθητή πάσα, του έδωσε δώρα και τον παρακάλεσε να επιτρέψει στην μονή Αρκαδίου να χτυπάει την καμπάνα. Ο πασάς επέτρεψε την χρήση και για τον λόγο αυτό το μοναστήρι ονομάστηκε Τσανλί Μαναστίρ, δηλαδή το μοναστήρι που δικαιούται να κρούει την καμπάνα.

Δυόμιση αιώνες αργότερα, περίπου 1500 Κρήτες επαναστάτες συγκεντρώθηκαν στο Αρκάδι προκειμένου να εκλέξουν αρχηγούς για τις διάφορες επαρχίες της Κρήτης. Οι Τούρκοι το έμαθαν και ζήτησαν από τον ηγούμενο Γαβριή Μαρινάκη να διώξει τους επαναστάτες από την μονή διαφορετικά θα την κατέστρεφαν. Ο ηγούμενος αρνήθηκε. Στις 8 Νοεμβρίου 1866 ο Τουρκικός στρατός, με 15.000 στρατιώτες και 30 κανόνια επιτέθηκε στην μονή. Μέσα την μονή υπήρχαν 964 άνθρωποι, μεταξύ των οποίων 325 άντρες και οι υπόλοιποι γυναικόπαιδα.

Ο Τουρκικός στρατός κατάφερε να εισέλθει εντός του μοναστηριού την δεύτερη ημέρα, όταν η εξωτερική γραμμή άμυνας των Κρήτων έχει διασπαστεί και ο ηγούμενος Γαβριήλ ήταν πια νεκρός. Πολλοί από όσους είχαν καταφέρει μέχρι τότε να ζήσουν κλείστηκαν στην πυριτιδαποθήκη και έδωσαν φωτιά στο μπαρούτι. Αποτέλεσμα ήταν να σκοτωθούν πολλοί Έλληνες, αρκετοί Τούρκοι και να καταστραφεί η μονή. Λέγεται ότι η έκρηξη ήταν τόσο δυνατή που ακούστηκε μέχρι το Ηράκλειο.

Το μοναστήρι ανοικοδομήθηκε πλήρως με μόνα σημεία που θυμίζουν την καταστροφή του 1866 να είναι ένα κομμάτι καμένου τέμπλου στα αριστερά της Αγίας Τράπεζας μέσα στην εκκλησία και μια μπάλα κανονιού που έχει αγκαλιάσει το αιωνόβιο κυπαρίσσι που βρίσκεται δίπλα στον ναό.

Αξιοσημείωτο είναι ότι η UNESCO έχει χαρακτηρίσει το Αρκάδι Ευρωπαϊκό Μνημείο Ελευθερίας.